Activité avec le logiciel Geniegen⚓
La prédiction génétique à l'heure de la bio informatique : le cas de la mucoviscidose
Nom de la mutation | Fréquence (%) | Nom de la mutation | Fréquence (%) |
ΔF508 | 66 | R553X | 0.7 |
G542X | 2.4 | 621 + 1G | 0.7 |
G551D | 1.6 | 1717 + 1G | 0.6 |
N1303K | 1.3 | R117H | 0.3 |
W1282X | 1.2 | R1162X | 0.33 |
Paire de mutations | Fréquence (%) |
ΔF508-ΔF508 | 50 |
ΔF508-autre mutation | 40 |
autre mutation-autre mutation | 10 |
Après des milliers de séquençages, l'exploitation, à l'aide de logiciels de bio-informatique, de banques de données a permis d'identifier les liens entre certaines mutations du gène à l'origine de la protéine CFTR et des dérèglements du fonctionnement de cette protéine.
Principe de la méthode RFLP pour détecter l'allèle mutant ΔF508
La RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) est une technique basée sur le découpage des gènes par des enzyme sur des sites très précis. La mutation de ces sites rend impossible la découpe par l'enzyme de restriction. On a au préalable amplifié les fragments par PCR puis on fait migrer par électrophorèse les différents fragments obtenus.
Détecter un allèle mutant dans une famille par RFLP
Question⚓
Protocole :
Ouvrir avec Geniegen les séquences alléliques du gène CFTR (Séquences à charger dans GénieGen).
Sélectionner les séquences mutantes connues DeltaF508 et R553X, ainsi que les séquences des individus dont on cherche à repérer ces mutations.
Dans la banque d'enzyme, choisissez l'enzyme EcoRI.
Traiter ces séquences par action enzymatique.
Comparer le nombre de sites de restriction (coupure) sur les allèles DeltaF508 et R553X pour les distinguer.
Changer l'allèle à étudier pour comparer le profil de restriction des allèles des individus malades avec ceux des allèles de référence.
On attend le schéma de la carte de restriction des allèles de chaque individu, comparé aux cartes de restriction des allèles de référence, ainsi que l'identification des individus malades et des individus porteurs d'allèles mutés.