Activité avec le logiciel Libmol⚓
Structure et propriétés des anticorps
Un agent pathogène pénétrant dans l'organisme comporte des antigènes qui déclenchent la production d'anticorps spécifiques, capables de le neutraliser en formant des complexes immuns
Protéines de sang de scorpion en contact avec du sérum de lapin après immunisation du lapin
Quelles propriétés de structure des anticorps permettent la fixation des antigènes et l'élimination des anticorps par les phagocytes ?
Question⚓
Utiliser le logiciel Libmol (clé étamine) pour mettre en évidence la structure des anticorps ( Molécule d'immunoglobuline Gamma humaine (anticorps) à charger dans Libmol). On recherche en particulier à identifier les chaînes lourdes (H pour heavy) et légères (L pour light), le site de liaison aux phagocytes (localisation), les ponts disulfures entre cystéines qui permettent de stabiliser l'ensemble de la structure (identifier la position des cystéines).
Une capture d'écran légendée et titrée sera réalisée.
Comment l'anticorps se lie - t -il à l'antigène ?
Question⚓
Utiliser le logiciel Libmol (clé étamine) pour mettre en évidence les spécificités de la liaison entre les chaînes légères de l'anticorps et l'antigène.
Associations de molécules à disposition (dans la banque du logiciel) :
1AFV anticorps 2 anti-protéine 24 (HIV-1 CAPSID PROTEIN) du virus du Sida
1CFN anticorps 3 anti-protéine 24 du virus du Sida
1F58 Anticorps 2 antiglycoprotéine 120 virus du Sida
Proposer une stratégie permettant de répondre au problème posé puis réaliser les manipulations nécessaires avec le logiciel.
Appeler le professeur pour faire valider votre stratégie avant de commencer à utiliser le logiciel.
Des captures d'écrans légendées et titrées facilitant la comparaison seront réalisées et accompagnées d'un texte permettant de répondre à la question posée.
Documents à disposition :
Complément : Informations techniques complémentaires :
L'affichage en sphères montre le volume occupé par chaque atome. Pour visualiser les poches comme les sites actifs sélectionner les chaînes protéiques, les afficher en boules et bâtonnets puis définir une nouvelle surface (onglet surface).
Dans la version en ligne plus récente de Libmol, il est possible d'analyser les interactions entre molécules.
Pour aller plus loin :Comparaison Libmol/Rastop